La Secretaría General de Educación se compone de: el Instituto Superior de Formación del Profesorado; el Instituto Nacional de Evaluación y Calidad del Sistema Educativo; el Instituto Nacional de las Cualificaciones; la Dirección General de Educación, Formación Profesional e Innovación Educativa y de la Dirección General de Cooperación Territorial y Alta Inspección.
Se ocupa de la calidad y evaluación de la educación, de tareas de documentación, investigación, formación del profesorado, cooperación internacional, legislación, becas, ayudas y subvenciones, etc.